Флаги колышатся или колыхаются?

Скажите, пожалуйста, почему большая часть обстоятельственных придаточных зависит не от сказуемого, а от всей главной части?

Иногда в текстах встречаются случаи, когда рядом ставятся такие знаки препинания: «—,». Можете, пожалуйста, объяснить, какими правилами это регулируется?