Вы выполнили некоторые изменения на тестовом сайте, и (,)в результате этих изменений(,) к базе данных добавились новые таблицы. Нужно ли выделять "в результате этих изменений" запятыми?

Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, как исправить грамматическую ошибку в предложении? Мистер Томпсон спросил, правильно ли я понял то, что вы сказали. Можно ли так: Мистер Томпсон спросил, правильно ли он понял то, что я сказал? Можно ли так: Мистер Томпсон спросил, правильно ли он понял то, что вы сказали?

Можно ли рассматривать правило о применении кавычек к именам собственным как исключение из более общих правил? Например, автор хочет подчеркнуть иронию и написать „кошка по кличке «Мышь»“. Корректно ли подчинять написание общему правилу об авторских кавычках при ироническом употреблении слова «мышь», или оно распространяется только на нарицательные, а собственное надо писать как любую другую кличку без кавычек?