Резервные копии будут создаваться в то время и с той частотой, которые(ую) вы указали. Какое окончание должно быть в слове "которые(ую)"?

Если  придаточная часть относится и к "времени", и к "частоте", то рекомендуем использовать множественное число. Однако выбор формы вариативен.