Начиная с версии 3.1, обновления будут выходить раз в 6 месяцев. Нужна ли запятая перед словом "обновления"?

Да, запятая нужна.
Обороты, присоединяемые предлогом «начиная с», обычно обособляются. 
Он удивил там всех, начиная с самого Петра Леонидовича Капицы.
Обособление не требуется, если предлог «начиная с» в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово «начиная» обычно можно опустить). 
Он воевал с Наполеоном начиная с 1805 года и был на полях больших битв.