Здравствуйте. В справочнике под ред. В. В. Лопатина сказано, что вводные слова, стоящие на границе частей сложного предложения и относящиеся к следующей части, не отделяются от нее запятой. Там же приводится такой пример: «Послышался резкий стук, должно быть сорвалась ставня». Подскажите, пожалуйста, этот пункт правила относится только к бессоюзным предложениям или к сложноподчиненным тоже (в примерах справочника таких нет)? Например, как оформить такие предложения: «Хотя он опоздал, к счастью все закончилось хорошо»; «Если никто не отвечает, должно быть хозяева еще не вернулись». Нужна ли здесь запятая после вводных слов «к счастью» и «должно быть»?

Здравствуйте! В современных справочниках по пунктуации данное правило формулируется относительно сложного предложения вообще, а не конкретных его типов. Следовательно, в приводимых Вами примерах допустимы следующие варианты пунктуационного оформления:
1. Хотя он опоздал, к счастью все закончилось хорошо. Если никто не отвечает, должно быть хозяева еще не вернулись (см. справочник В. В. Лопатина).
2. Хотя он опоздал, - к счастью, все закончилось хорошо. Если никто не отвечает, - должно быть, хозяева еще не вернулись (см. справочник Д. Э. Розенталя).
При этом второй из рекомендуемых вариантов нам представляется более удачным, поскольку при таком оформлении учитывается как структурная, так и смысловая организация предложения.